bmp dosyayı dönüştürdüğümüz zaman malum kalite kaybı konusu.
bir encoder görmüştüm, kalite kaybı hiç olmadan jpeg dosya formatında encode ediyordu. Lazım oldu bulamadım.
jpeg ve mpeg2 formatlı, full kaliteli (kayıpsız yada kayıpsıza en yakın) encoding yapan bir program biliyormusunuz?

http://www.irfanview.com
jpeg veya png sıkıştırma derecesini ve kayıp oranını belirleyebiliyosun. ekstradan header bilgilerini değiştiren opsiyonlar da var(exif filan)

ffmpeg yapabiliyor bunu. mjpeg kodeği de tek tek jpeg saklıyor (kopyalayarak).
0001.jpeg, 0002.jpeg ... 9999.jpeg dosyaların olsun. kullanacağın komut bu:

ffmpeg -i %04d.jpeg -vcodec copy out.avi

mpeg2 formatlı istemişsin ama dosya formatını mpegts yapınca bende çalışmadı. avi daha temiz iş gördü.
burada biraz daha ayrıntılı anlatıyor.
http://electron.mit.edu/~gsteele/ffmpeg/
burada ffmpeg'in windows versiyonu ve grafik arayüzü.
http://winff.org/
mencoder da yapabiliyormuş:
http://web.njit.edu/all_topics/Prog_Lang_Docs/html/mplayer/encoding.html (7.7)